Damit der Mini 1.3i die neuen EU-Abgasbestimmungen einhalten konnte, wurde im Oktober 1996 eine neue Einzeleinspritzanlage eingeführt. Motor und Preis waren nun identisch mit der Cooper-Version. Den Lärmschutzbestimmungen wurde durch die Verlagerung des Kühlers vor den Motor und eine neue Antriebsübersetzung Rechnung getragen. Die Sicherheit wurde durch einen Fahrerairbag, Gurtstraffer und einen Seitenaufprallschutz erhöht. Die Änderungen im Innenraum umfassten eine furnierte Instrumententafelverkleidung und ein Innentrim mit Balmoral Tweed. Im April 2000 läutete die "Mini Classic Edition" das Ende des classic Mini ein, im Oktober desselben Jahres lief die Produktion endgültig aus.