1998 ließ BMW das Kürzel "S" wieder aufleben und stellte den Sport-Boxer BMW R 1100 S vor. Mit ihrer bis zu den Zylindern reichenden Halbverkleidung, die einen asymmetrischen Doppelscheinwerfer mit neuartiger Elipsoid-Technik trug und der "Under-Seat" Auspuffanlage vermittelte sie einen sehr dynamischen Eindruck. BMW stellte aber klar, dass sie nicht als Supersportler sondern als Sporttourer gedacht war. Ihre sportlichen Talente stellte sie in dem ab 1999 stattfindenden "BMW Motorrad Boxer Cup" unter Beweis, bei dem Privatfahrer gegen ehemalige Motorrad-Weltmeister bzw. -Sieger antraten.